屋頂自然通風器的自然通風原理是：在壓差推動下的空氣流動，根據壓差形成的機理，屋頂自然通風器在風壓作用下和熱壓作用下有不同區別。

1. 1，當有風從左邊吹向建筑時，建筑的迎風面將受到空氣的推動作用形成正壓區，推動空氣從該側進入建筑；而建筑的背風面，由于受到空氣繞流影響形成負壓區，吸引建筑內空氣從該側的出口流出，這樣就形成了持續不斷的空氣流，成為風壓作用下的自然通風屋頂通風器。

2. 2，當室內存在熱源時，室內空氣將被加熱，密度降低，并且向上浮動，造成建筑內上部空氣壓力比建筑外大，導致室內空氣向外流動，同時在建筑下部，不斷有空氣流入，以填補上部流出的空氣所讓出的空間，這樣形成的持續不斷的空氣流就是熱壓作用下的自然通風屋頂通風器。

   3，由于屋頂自然通風器系統運行的動力來自于自然界的自然過程，因此該技術自古以來就是一種免費的自然通風排煙技術。